In allen 12 Ortsteilen der Gemeinde stehen evangelische Kirchen. Besonders hervorzuheben sind die Fachwerkkirchen in den Ortsteilen Ruppertenrod, Sellnrod und Ilsdorf.
Fachwerkkirche Ilsdorf
Diese Kirche wurde Mitte des 16. Jahrhunderts erstmals erwähnt; damals war ihr Standort in Bernsfeld, einem Ortsteil von Mücke. Der rein äußerlich stolze Anblick des Fachwerks läßt erkennen, welche harte Arbeit es war, vor rund 400 Jahren ein solches Kirchlein mit primitivem Werkzeug zu erbauen.
Fachwerkkirche Ruppertenrod
Ruppertenrod besaß bis zum Jahre 1710 keine eigene Kirche. Als Filialdorf der Pfarrei Ober-Ohmen, der es heute noch zusteht, war es lediglich auf die dortige Mutterkirche angewiesen. Im diesem Jahr wurde eine neue Kirche, ganz aus Eichenholz, finanziert zum Teil aus Sammlungen, errichtet.
Fachwerkkirche Sellnrod
In den Jahren 1697/98 wurde in Sellnrod eine Fachwerkkirche gebaut, welche optisch gut zu den umliegenden Häusern und Scheunen passte. Die Fachwerkbauweise wurde auch aus finanziellen Gründen gewählt, denn der damals regierende Landgraf Ernst Ludwig (1678-1739) unterstützte das Unternehmen mit der Schenkung von 80 Eichenstämmen aus den Staatsforsten.
Katholische Kirche
In den Jahren 1945/46 kamen erstmals eine größere Anzahl von Katholiken nach Merlau. Im März 1949 zog Pfarrer Franz Josef Nowak nach Merlau und mit ihm begann die Existenz der eigentlichen Pfarrgemeinde. In der Anfangszeit stellte die evangelische Kirche ihre Räumlichkeiten zur Verfügung. Im Jahre 1953 erwarb die Diözese Mainz, zu der die katholische Gemeinde Merlau zählt, das Grundstück Flensunger Weg 57 in Merlau zur Errichtung einer katholischen Kirche.
Neuapostolische Kirche
Die Anfänge der Neuapostolischen Gemeinde Mücke-Merlau reichen bis in das Jahr 1918 zurück. Bis zum Jahre 1935 wurde die Gemeinde von Grünberg aus betreut. Von diesem Zeitpunkt an wurde Mücke-Merlau eine selbständige Gemeinde; organisatorisch gehört sie zum Bezirk Lauterbach. Nachdem in Merlau, Flensunger Weg 44, ein Baugrundstück erworben worden war, konnte im Jahre 1967 für die Gemeinde ein Gotteshaus errichtet werden.
